色譜填料可分為無機基質填料和有機基質填料，無機基質填料包括硅膠、氧化鋁、氧化鋯、羥基磷灰石、氮化物以及活性碳等。此外還有復合物材料，即通過精細調控技術制備的無機-有機球雜交基球，經化學衍生后，制備得對藥物分析和篩選很有用的高效、可耐pH2～8、低吸附性的新型填料。
色譜填料常用的有哪些？
一、正相色譜硅膠基質填料。
正相色譜柱的固定相是由硅膠和其他具有極性官能團組成的鍵合相填料。其物質分離特點是極性較弱組合被色譜柱沖洗出來。而且正相色譜所使用的流動相其極性要低于固定相，流動相通常使用正乙烷和二氯甲烷等。
二、反相色譜硅膠基質填料。
反向色譜柱的填料是以硅膠材料為主要物質，并與極性相對較弱的官能團組成的鍵合相。其物質分離特點是極性較強組合被色譜柱沖洗出來，而極性弱的組分則會更強的保留在柱子上。反向色譜的流動相的極性相對較強，常配制有機緩沖液作為流動相。目前較為常用的反相色譜填料有C4(B)、C8(MOS)以及C18(ODS)等。
三、聚合物填料。
這種聚合物的填料一般是由聚甲基丙酸酯或者聚苯乙烯-二乙烯基苯組成。其特點是這種色譜柱的酸堿度適用范圍相對較廣，且疏水性很強，但它的柱效相對于硅膠基質的填料要低一些。一般將這種大孔的基質填料用于蛋白質的分離。
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